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基因合成白皮書—商業(yè)化基因合成的發(fā)展歷程、趨勢(shì)和人工智能創(chuàng)新

發(fā)布時(shí)間:2025-03-25

一、商業(yè)化基因合成的興起

隨著生命科學(xué)研究的不斷深入以及生物技術(shù)應(yīng)用的日益廣泛,對(duì)基因合成的需求逐漸從科研領(lǐng)域拓展到更廣闊的商業(yè)應(yīng)用。早期,基因合成主要服務(wù)于基礎(chǔ)科研,用于驗(yàn)證理論假設(shè)、構(gòu)建基因模型等。但隨著制藥、農(nóng)業(yè)、工業(yè)生物技術(shù)等行業(yè)的快速發(fā)展,對(duì)特定基因序列的定制需求呈爆發(fā)式增長。這種需求的變化不僅體現(xiàn)在數(shù)量上,更體現(xiàn)在對(duì)合成速度、準(zhǔn)確性成本等多方面的更高要求。


在制藥領(lǐng)域,為了開發(fā)新型藥物,需要快速合成大量不同的基因序列用于藥物靶點(diǎn)篩選和藥物研發(fā);在農(nóng)業(yè)方面,培育具有優(yōu)良性狀的轉(zhuǎn)基因作物也依賴于高效的基因合成技術(shù)。合成生物學(xué)領(lǐng)域,低成本基因合成能夠顯著加速科研創(chuàng)新、降低生物技術(shù)開發(fā)成本,并推動(dòng)食品、醫(yī)美、能源、化工領(lǐng)域的產(chǎn)品應(yīng)用開發(fā)及商業(yè)化落地。這種不斷增長和變化的需求,促使商業(yè)化基因合成行業(yè)迅速崛起,也為后續(xù)一系列創(chuàng)新型公司的發(fā)展提供廣闊的市場(chǎng)空間。


二、商業(yè)化基因合成的規(guī)范

? 早期商業(yè)化基因合成技術(shù)

早期的基因合成主要基于PCR的逐步拼接法,通過化學(xué)方法合成一系列短的寡核苷酸片段,并利用酶學(xué)反應(yīng)將這些寡核苷酸片段按照正確的順序拼接起來,逐步構(gòu)建出完整的基因序列。


Step-by-step Assembly of PCR

分步組裝PCR


? 優(yōu)缺點(diǎn)

優(yōu)點(diǎn):技術(shù)準(zhǔn)確性高,能夠精確合成特定序列的基因,且技術(shù)流程成熟,合成成功率有保障。 

缺點(diǎn):合成效率低,操作復(fù)雜耗時(shí),成本較高,限制了大規(guī)模應(yīng)用。


? 代表公司:Gene Art

Gene Art作為商業(yè)化基因合成的先驅(qū),通過建立標(biāo)準(zhǔn)化的操作流程和質(zhì)量控制體系,率先將基因合成服務(wù)規(guī)范化、商業(yè)化,成為連接科研需求與專業(yè)基因合成服務(wù)的重要橋梁。其開發(fā)的標(biāo)準(zhǔn)流程和質(zhì)量控制體系成為行業(yè)內(nèi)的參考標(biāo)準(zhǔn),它成功的運(yùn)營模式也為后來者提供借鑒,促使更多公司進(jìn)入基因合成市場(chǎng),推動(dòng)整個(gè)行業(yè)的蓬勃發(fā)展。


三、市場(chǎng)需求驅(qū)動(dòng)下的高通量基因合成

? 市場(chǎng)需求

2025年,全球基因合成市場(chǎng)規(guī)模預(yù)計(jì)為28億美元,預(yù)計(jì)2032年將達(dá)到83億美元(復(fù)合年增長率17.7%)。隨著生命科學(xué)研究邁入組學(xué)時(shí)代以及生物技術(shù)產(chǎn)業(yè)的規(guī)?;l(fā)展,市場(chǎng)對(duì)基因合成的通量提出更高的要求。傳統(tǒng)的基因合成技術(shù)無法滿足同時(shí)合成大量不同基因的需求,例如在藥物篩選中,需要同時(shí)測(cè)試成千上萬種不同的基因變體對(duì)藥物的反應(yīng);在合成生物學(xué)領(lǐng)域,構(gòu)建復(fù)雜的生物系統(tǒng)也需要大量不同功能的基因。在這種市場(chǎng)需求的驅(qū)動(dòng)下,高通量基因合成技術(shù)應(yīng)運(yùn)而生。


來源: Market.US, "Gene Synthesis Market," 2023


? 高通量基因合成技術(shù)

高通量基因合成(High-throughput Gene Synthesis, HTGS)是一種能夠同時(shí)、大規(guī)模合成大量不同基因序列的技術(shù)。相較于傳統(tǒng)的基因合成方法(固相合成),高通量基因合成技術(shù)基于芯片技術(shù),采用自動(dòng)化、高效并行的方式,在短時(shí)間內(nèi)合成上千甚至上萬條基因序列,為大規(guī)?;蚬こ萄芯刻峁?qiáng)大支持。


Chip-based High-throughput Synthesis

基于芯片的高通量合成


? 優(yōu)缺點(diǎn)

優(yōu)點(diǎn):合成通量高、成本低、靈活性高。 

缺點(diǎn):復(fù)雜序列的合成準(zhǔn)確性有待提升。 


? 代表公司:Twist Bioscience

Twist Bioscience專注于高通量基因合成解決方案。它打破傳統(tǒng)基因合成的通量限制,推動(dòng)基因合成服務(wù)向高通量、低成本方向發(fā)展,加速相關(guān)領(lǐng)域的創(chuàng)新步伐,也為行業(yè)帶來新的商業(yè)模式和發(fā)展機(jī)遇。


四、AI賦能基因合成

? 現(xiàn)有技術(shù)的局限與行業(yè)難點(diǎn)

盡管高通量基因合成技術(shù)在通量和成本上取得顯著的突破,但市場(chǎng)多樣化需求仍對(duì)其提出了更高的挑戰(zhàn)。

√ 超長基因序列合成效率受限; 

 復(fù)雜序列(如高GC區(qū)域、重復(fù)序列)錯(cuò)誤率高;  

 在基因設(shè)計(jì)階段,難以精準(zhǔn)優(yōu)化功能需求。 


? AI賦能基因合成技術(shù)

通過人工智能算法,對(duì)基因序列進(jìn)行深度分析和優(yōu)化,從而顯著提高合成效率和準(zhǔn)確性。AI技術(shù)不僅能夠預(yù)測(cè)和解決復(fù)雜序列中的潛在問題,還能在設(shè)計(jì)階段提供精準(zhǔn)的基因序列優(yōu)化方案,確保合成的基因序列完全符合功能需求,適用于從基礎(chǔ)研究到工業(yè)應(yīng)用的多樣化需求,包括基因構(gòu)建、基因編輯、高通量文庫構(gòu)建等。


? 優(yōu)缺點(diǎn)

優(yōu)點(diǎn):智能化設(shè)計(jì),提升復(fù)雜序列合成成功率。 

缺點(diǎn):AI技術(shù)仍處于發(fā)展階段,算法需持續(xù)優(yōu)化。


? 代表公司:Synbio Technologies

泓迅生物致力于成為合成生物學(xué)賦能技術(shù)領(lǐng)導(dǎo)者,作為首家將AI技術(shù)引入基因合成領(lǐng)域的公司,旨在通過AI賦能基因合成,解決高難度、復(fù)雜基因序列合成難題,為客戶提供智能化、精準(zhǔn)化的基因合成解決方案。


自主研發(fā)生物智能分析工具:

 Complex Index(CI):解決高難度序列(重復(fù)序列、發(fā)卡結(jié)構(gòu)、高GC)合成。

 NG Codon:密碼子優(yōu)化設(shè)計(jì),提高蛋白表達(dá)效率。

 AI-TAT:精準(zhǔn)預(yù)測(cè)生產(chǎn)周期,便于客戶合理安排后續(xù)實(shí)驗(yàn)。



? 行業(yè)貢獻(xiàn)

泓迅生物將AI技術(shù)引入基因合成,為行業(yè)帶來全新的思路和解決方案。它推動(dòng)基因合成技術(shù)從傳統(tǒng)的經(jīng)驗(yàn)驅(qū)動(dòng)向數(shù)據(jù)驅(qū)動(dòng)、智能驅(qū)動(dòng)的方向轉(zhuǎn)變,為解決難度基因合成提供新的途徑,也為整個(gè)行業(yè)的技術(shù)升級(jí)和創(chuàng)新發(fā)展注入新的活力。

 

五、未來展望:商業(yè)化基因合成的機(jī)遇與挑戰(zhàn)

隨著商業(yè)化基因合成的不斷發(fā)展,未來基因合成行業(yè)有望迎來新的變革—生物體合成(In VivoSynthesis)。生物體合成是指利用活細(xì)胞(如細(xì)菌、酵母或哺乳動(dòng)物細(xì)胞)作為“工廠”, 通過調(diào)控細(xì)胞內(nèi)的基因表達(dá)和代謝途徑,直接在生物體內(nèi)合成目標(biāo)基因或分子,這種方法依賴于細(xì)胞自身的生物合成機(jī)制(如DNA復(fù)制、轉(zhuǎn)錄和翻譯),能夠高效、精準(zhǔn)地完成復(fù)雜基因序列的合成。


生物體合成的優(yōu)勢(shì):    

√ 高效性:細(xì)胞可同時(shí)進(jìn)行多個(gè)合成反應(yīng),適合大規(guī)模生產(chǎn)。

 精準(zhǔn)性:細(xì)胞內(nèi)的天然糾錯(cuò)機(jī)制(如DNA修復(fù)系統(tǒng))可減少合成錯(cuò)誤。

 環(huán)境友好:利用細(xì)胞的天然代謝途徑,減少化學(xué)廢物的產(chǎn)生。

 多功能性:可同時(shí)完成基因合成、表達(dá)和功能驗(yàn)證。


未來挑戰(zhàn):

  代謝干擾:細(xì)胞內(nèi)其他代謝途徑可能干擾目標(biāo)基因的合成。

  調(diào)控難度:需要精確調(diào)控基因表達(dá)和代謝途徑,避免細(xì)胞負(fù)擔(dān)過重。

  規(guī)?;款i:大規(guī)模細(xì)胞培養(yǎng)和基因表達(dá)優(yōu)化仍需技術(shù)突破。


未來,隨著合成生物學(xué)、基因編輯技術(shù)等相關(guān)領(lǐng)域的不斷進(jìn)步,生物體合成有望成為未來發(fā)展的主流方向,為基因合成行業(yè)帶來革命性變革。  

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